Wichtige Indizien ergaben sich auch für die westliche Eingangssituation der Kirche, welche offenbar aus einem Triforium bestand. Hingegen erwies sich der Apsisbereich als so stark zerstört, dass hier keinerlei Aussagen zur ursprünglichen Gestaltung des Altarbereichs der Kirche mehr möglich waren. Interessante Hinweise ergaben sich hingegen hinsichtlich der Benutzungsdauer. So erfolgten Umbaumassnahmen im frühen 5. Jh.n.Chr., in deren Zusammenhang auch ein neuer, noch teilweise erhaltener schwarz-weisser Mosaikfussboden eingebracht wurde (Abb.: Mosaik). Im frühen 7. Jh.n.Chr. zwang offenbar ein Einsturz der Apsis zu umfangreichen Reparaturmassnahmen. Spätestens ab dem 5. Jh. wurde die Kirche zudem als Bestattungsplatz genutzt, wie der Fund eines wiederverwendeten Riefelsarkophags severischer Zeit belegte (Abb.: Sarkophag). Die endgültige Zerstörung der Kirche, welche offenbar systematisch ihrer Ausstattung und Marmordekoration beraubt worden war, erfolgte im frühen 9. Jh.

Vorgängerbau: Die durchgeführten Sondagen ergaben ferner, dass der kaiserzeitliche Vorgängerbau in Form einer ungewöhnlich grossen Wohninsula des mittleren 2. Jhs.n.Chr. bei der Anlage der Kirche vollständig abgerissen und systematisch spoliiert sowie eine aufwendige Einplanierung des Bauplatzes auf höherem Niveau durchgeführt worden war. überraschenderweise zeigte sich, dass nur einige wenige Mauerpartien dieses älteren Baus als Fundament weiterverwendet, häufiger jedoch gänzlich neue Fundamentierungen angelegt worden waren. Auch dies ist neben der Grösse der Basilika ein Hinweis auf den herausragenden Anspruch dieses Kirchenbaus, da - anders beispielsweise als bei der jüngst gefundenen Bischofskirche von Portus - auf die wesentlich kostengünstigere Wiederverwendung älterer Baustrukturen verzichtet wurde. Eine Sondage im Westen des Kirchenkomplexes zeigte zudem, dass zwischen der Strasse und dem Atrium ein kleiner gepflasterter Vorplatz angelegt und somit ein neuer urbanistischer Akzent geschaffen worden war.

Spätere Besiedlungsphasen: Besonders ergiebig waren die Sondagen auch im Hinblick auf die Frage der späten Entwicklungsgeschichte dieses Stadtviertels. So konnte festgestellt werden, dass sich ab dem 6. Jh.n.Chr. im unmittelbaren Umfeld der Kirche verschiedene primitive Wohnstrukturen und Grubenhäuser angesiedelt haben, welche wenigstens bis ins 7. Jh. Bestand hatten. Eines dieser Häuser, vermutlich des 6. Jhs., war hierbei im Atriumsumgang angelegt worden, was belegt, dass die Unterhaltung des gesamten Kirchenkomplexes in diesem Zeitraum offenbar nicht mehr möglich war und die Westteile aufgeben wurden; die zeitgleichen Reparaturmassnahmen in der Apsis zeigen hingegen, dass die östlichen Bereiche der Kirche noch länger genutzt wurden. Die durchgeführten Sondagen konnten somit auch einen wichtigen Beitrag zum Verständnis für die Entwicklung Ostias am übergang von der Spätantike zum frühen Mittelalter leisten, das bislang nur auf einigen wenigen Befunden beruht. Sie sind ein weiteres Indiz dafür, dass die Stadt nach einer offenbar einschneidenden Krise des 5. Jhs., welche durch die Barbareneinfälle mitverursacht wurde, nicht vollständig aufgegeben worden war, sondern - wenn auch in bescheidenerer Form - wesentlich länger besiedelt blieb. Da allerdings in diesem Zeitraum in verschiedenen Bereichen des Stadtzentrums, so z.B. um die Piazzale delle Corporazioni, Zonen der Auflassung und der Nutzung für Bestattungen feststellbar sind, erscheint es möglich, dass sich die Besiedlung auf mehrere inselartige Bereiche zurückzog, von denen ein Kristallisationszentrum in der noch immer in reduzierter Form in Nutzung befindlichen konstantinischen Bischofskirche bestanden haben könnte. Die ehemals zusammenhängende Stadtstruktur hätte sich demnach weitgehend aufgelöst und zu einer eher lockeren Ansiedlung mit grösseren Freiräumen zurückgebildet. Spätestens in karolingischer Zeit erstarb jedoch auch dieses Leben und mit ihm die ehemalige Bischofskirche.